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iTRAQ技术常见问题与答疑

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iTRAQ技术常见问题与答疑


1、什么是iTRAQ?

    iTRAQ技术,即同位素相对标记与绝对定量技术。该技术可对复杂样本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对和绝对定量研究,具有较好的定量效果、较高的重复性。由于其能够同时对多达8种样品进行标记分析,故在生命科学的各个领域得到了广泛的应用。

2、iTRAQ的原理是什么?

    iTRAQ的检测可以做这样的比喻,蛋白被打成肽段后,被平均的铺在了一个有384个孔的平板上,然后机器会从每个孔中选取浓度在前5名的蛋白进行鉴定和比对,所以,如果假设每个一个样本中有100个蛋白,他们的浓度均为1%,那么得到的结果就是蛋白的得分低,但是鉴定的蛋白数量会很多,可以达到90以上;如果一个样本中有100个蛋白,有3个蛋白的含量分别为30、20、10、其他的97钟蛋白为剩下的50%,那么这三种蛋白的得分高,但是鉴定出的蛋白数量会比较少,也许只有50或者60个。因为一些高丰度的蛋白会大量分部在上述的小孔中,抑制了其他蛋白的检出效果。

3、iTRAQ的主要优势有哪些?

  1. 高通量
        一次性定性和定量该样本的总蛋白,不用像双向电泳(2DE)或DIGE要逐个斑点做鉴定;2DE可分离1500-2500个斑点(并且可能很多斑点对应同一种蛋白),而iTRAQ一般可鉴定2000种以上蛋白,其中常规动物组织或细胞可鉴定到4000-7000种蛋白;
  2. 结果直观、分析灵活
        直接得到蛋白的定性和相对定量信息,可利用统计学方法快速筛选出各个组别的差异蛋白;能更好的结合基因组或转录组的数据,十分有利于后续研究。
  3. 对样本类型无限制
        任何类型的样本均可做,当然数据库越全、鉴定到的蛋白种类越多;对于罕见物种,可提供转录组数据来检索,更容易找到有意义的蛋白。
  4. 加了数据的可靠性和相关性

    一次上机的样本数高达8个,如果样本数多于8个,还可以在每次上机时设置内参,每个样本先跟内参比较,再相互比较(排除操作、环境和仪器误差),从而实现多组样本间的差异蛋白分析。

4、iTRAQ与其他蛋白质组学技术的区别是什么?

    双向电泳是最早、最经典的蛋白质组技术,适用于大部分样本,只是对强酸或强碱性蛋白,以及分子量太大或太小的蛋白质分离效果不好;另外由于各个样本需要单独跑胶,很难避免操作误差对结果的影响,可能导致定量不准确;但是....


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